relatives à la prise en compte dans la fonction publique territoriale
de l’évolution de l’épidémie de Covid-19

Version mise à jour au 01 septembre 2021

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Table des matières
I – Modalités de mise en oeuvre de l’obligation de présentation d’un passe sanitaire ……………………….. 6
1) Le champ de l’obligation de présentation d’un passe sanitaire dans la FPT …………………….. 6
• En quoi consiste l’obligation de présentation d’un passe sanitaire ? ………………………….. 6
• Quels sont les professionnels habilités à superviser un autotest ? ………………………………. 6
• L’obligation de présentation d’un passe sanitaire s’applique-elle aux apprentis mineurs ? ………………………………………………………………………………………………………………………. 7
• Les agents territoriaux justifiant d’une contre-indication à la vaccination sont-ils soumis à l’obligation de présenter un passe sanitaire ? ……………………………………………………. 7  Quelle est la situation de l’agent dont les fonctions habituelles ne sont pas soumises à la présentation d’un passe sanitaire mais qui est amené à intervenir sur un salon ou un événement professionnel soumis au passe sanitaire ? ………………………………………………………. 7
• Dans les lieux dont l’accès est soumis à présentation d’un passe sanitaire, les personnels devront-ils porter le masque? …………………………………………………………………………………………. 7
• Quelles règles s’appliquent aux services administratifs recevant du public ? …………….. 8
• Le passe s’applique-t-il aux écoles, établissements assurant la formation professionnelle des agents publics de service public, enseignement, formation continue, aux concours et examens de la fonction publique ? ………………………………………………………………………………….. 8  Les personnels d’enseignement qui interviennent dans les écoles d’enseignement artistique sont-ils soumis à la présentation d’un passe sanitaire ? ……………………………………. 8
• Qui peut contrôler le passe et comment le secret médical est-il respecté ? …………………. 8
2) Les effets du non-respect de l’obligation de présentation d’un passe sanitaire sur la situation de l’agent ……………………………………………………………………………………………………………. 9
2
• Un agent territorial qui ne satisfait pas à l’obligation de présentation d’un passe sanitaire peut-il poser des congés ? …………………………………………………………………………………. 9
• Que se passe-t-il si l’agent ne peut pas poser des congés ? ………………………………………… 9
• Comment s’effectue la suspension d’un agent qui ne satisfait pas à l’obligation de présentation d’un passe sanitaire ? …………………………………………………………………………………. 9
• Quelle est la durée de la suspension ? ………………………………………………………………………. 9
• Quelles sont les conséquences de la suspension sur la rémunération de l’agent ? ……… 10
• Pourquoi un entretien est-il prévu si la situation se prolonge au-delà d’une durée équivalente à trois jours travaillés ? ……………………………………………………………………………… 10
• En cas de suspension, l’employeur est-il tenu de proposer une autre affectation ? ……. 10
• Quelle est ma situation administrative et quels sont mes droits durant la suspension ? 10
• Que se passe-t-il pour l’agent suspendu en cas de présentation ultérieure du passe ? .. 10
• Quelle est l’incidence de la suspension sur un contrat à durée déterminée ? ……………. 11
• Quel est l’impact de la suspension sur la période de stage ou probatoire d’un stagiaire ? 11
II – Modalités de mise en oeuvre de la vaccination obligatoire contre la Covid-19 ………………………… 11
1) Le champ de l’obligation de vaccination des personnels territoriaux ……………………………… 11
• Quels sont les agents territoriaux concernés par l’obligation de vaccination ? …………. 11  Les personnels des services de prévention et de santé au travail de la fonction publique territoriale et régis par les dispositions du décret n° 85-603 du 10 juin 1985 relatif à l’hygiène et à la sécurité du travail sont-ils soumis à l’obligation vaccinale ? ………………….. 12  Les professionnels des services de protection maternelle et infantile (PMI) sont-ils concernés par l’obligation vaccinale ? …………………………………………………………………………… 12
• Quels sont les agents travaillant dans les mêmes locaux que les professionnels de santé soumis à l’obligation de vaccination ? …………………………………………………………………………… 12
• Quelles sont les modalités de mise en oeuvre de cette obligation vaccinale ? …………….. 13
• Quels sont les cas de contre-indication médicale à la vaccination ? ………………………….. 13
• Qu’est-ce qu’un statut vaccinal complet ? ……………………………………………………………… 13 • Quelle est la couverture assurantielle des éventuels préjudices directement imputables à une vaccination obligatoire ? ……………………………………………………………………………………… 14
2) Les effets du non-respect de l’obligation vaccinale sur la situation de l’agent …………………. 14 • Que se passe-t-il lorsque l’employeur constate qu’un agent public concerné par l’obligation vaccinale ne satisfait pas à celle-ci ? ……………………………………………………………. 14
• Un agent territorial qui ne satisfait pas à l’obligation de vaccination peut-il poser des congés ? ……………………………………………………………………………………………………………………….. 14
• Que se passe-t-il si l’agent ne peut pas poser des congés ? ………………………………………. 14
• Comment s’effectue la suspension d’un agent qui ne satisfait pas à l’obligation de vaccination ?………………………………………………………………………………………………………………

 Est–il prévu d’organiser un entretien notamment pour examiner les possibilités de réaffectation en cas de non-respect de l’obligation vaccinale ? ……………………………………….. 16
• Quelle conséquence de la suspension sur la rémunération ? ……………………………………. 16
• Quelle est la durée de la suspension ? …………………………………………………………………….. 16
• Quelle est ma situation administrative et quels sont mes droits durant la suspension ? 16
• Que se passe-t-il pour l’agent suspendu qui se mettrait ultérieurement en conformité avec les obligations auxquelles l’exercice de son activité est subordonné ? ……………………… 17
• Quelle est l’incidence de la suspension sur un contrat à durée déterminée ? ……………. 17
• Quel est l’impact de la suspension sur la période de stage ou probatoire d’un fonctionnaire stagiaire ? ……………………………………………………………………………………………….. 17 III – Mise en oeuvre de l’obligation de présenter un passe sanitaire et de l’obligation vaccinale dans certaines structures. ………………………………………………………………………………………………………………. 17 • Quelles règles s’appliquent aux maisons départementales des personnes handicapées (MDPH) ? ……………………………………………………………………………………………………………………. 17  Quelles règles s’appliquent pour les résidences autonomie et les résidences services seniors ? ………………………………………………………………………………………………………………………. 18
IV –Mesures visant à garantir la protection des personnels dans les locaux ………………………………….. 18
• Le port du masque s’impose-t-il systématiquement ? ……………………………………………… 18
• Que faire si un agent ne respecte pas l’obligation de port permanent du masque ? ….. 18
• Pour les agents en présentiel, comment favoriser un environnement professionnel répondant aux recommandations sanitaires ? ……………………………………………………………….. 18
• Comment garantir la sécurité des agents lors de la pause méridienne ? …………………… 19
V – Situation des agents présentant un risque de forme grave d’infection au virus de la Covid-19, agents dits vulnérables : ………………………………………………………………………………………………………… 19
• Qui sont les agents considérés comme vulnérables ? ……………………………………………….. 19
• Un agent vulnérable peut-il être placé en télétravail ? …………………………………………….. 20
• Qu’en est-il dans le cas où les missions de l’agent vulnérable ne peuvent pas être exercées en télétravail ?………………………………………………………………………………………………… 20
• Quelles sont les mesures de protection renforcées que l’employeur territorial doit impérativement mettre en oeuvre ? ……………………………………………………………………………….. 20
• Que se passe-t-il en cas de désaccord entre l’agent vulnérable et l’employeur sur l’appréciation portée par celui-ci sur la mise en oeuvre des mesures de protections renforcées ? …………………………………………………………………………………………………………………. 20
• Quel justificatif doit produire l’agent présentant un risque de forme grave de la Covid-19 ou agent vulnérable ? ………………………………………………………………………………………………. 20
• Une prise en charge au titre des indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) des agents identifiés comme vulnérables est-elle possible ? ………………………………………………….. 21
VI – Situation des proches de personnes vulnérables ………………………………………………………………… 21

• Quelles mesures doit-on appliquer pour les agents partageant leur domicile avec une personne vulnérable ? ………………………………………………………………………………………………….. 21
• Dans quelles conditions les agents partageant leur domicile avec une personne vulnérable doivent-ils exercer leur activité professionnelle ? ………………………………………….. 21
• Comment l’employeur doit-il fixer des conditions d’emploi aménagées pour les agents partageant leur domicile avec une personne vulnérable ? ………………………………………………. 22
• Lorsque des conditions d’emplois aménagées ne peuvent être mises en place, quelle autre solution peut être envisagée ? ………………………………………………………………………………. 22
VII – Situation des agents identifiés comme cas « contact à risque » ……………………………………………. 22
• Quelle est la situation pour les agents identifiés comme « cas contact à risque » ? ……. 22
• Une prise en charge au titre des indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) des agents identifiés comme cas contact est-elle possible ? ……………………………………………………. 23
VIII – Situation des agents au regard de la fermeture temporaire des établissements d’accueil de leurs enfants ………………………………………………………………………………………………………………………………… 23
• Dans quelle position doit-on placer les agents contraints d’assurer la garde de leur enfant en cas de fermeture de l’établissement d’accueil ?……………………………………………….. 23
• Ces jours sont-ils à déduire du contingent total d’autorisations d’absence pour garde d’enfant (communément « garde d’enfants malades ») ? ……………………………………………….. 24
IX – Modalités de gestion des agents atteints de la Covid-19 ……………………………………………………… 24
• Dans quelle position administrative doit-on placer les agents testés positifs à la Covid-19 ? 24
X – Modalités d’organisation du travail …………………………………………………………………………………… 25  Quelles sont les modalités de recours au télétravail pour les collectivités territoriales ? 25
• Comment doit s’organiser le retour en présentiel ? ………………………………………………… 25
XI – La stratégie nationale de vaccination ……………………………………………………………………………….. 25
• Quelles mesures peuvent être prises afin de faciliter la vaccination des agents et de leurs enfants de plus de 12 ans ? …………………………………………………………………………………… 25
• Les médecins de prévention peuvent-ils procéder à la vaccination des agents territoriaux ? ……………………………………………………………………………………………………………….. 26
• Le personnel infirmier du service de médecine préventive peut-il vacciner ? …………… 26
XII – Dialogue social …………………………………………………………………………………………………………….. 26
• Quel est le rôle des CHSCT dans la mise en oeuvre des mesures de gestion de la crise sanitaire ? ……………………………………………………………………………………………………………………. 26
• Existe-il une obligation de nommer un référent Covid ? Auquel cas, quelles missions doit-il lui être confié ? …………………………………………………………………………………………………… 27
XIII – Régime indemnitaire ……………………………………………………………………………………………………. 27
• Les agents placés en ASA peuvent-ils percevoir leur régime indemnitaire ? …………….. 27

• Les agents placés en congé de maladie ordinaire peuvent-ils percevoir leur régime indemnitaire ? ……………………………………………………………………………………………………………… 28
XIV – Questions diverses ………………………………………………………………………………………………………. 28
 La Covid-19 peut-elle être reconnue en maladie professionnelle ? …………………………… 28
• Les congés bonifiés non pris durant la période d’état d’urgence sanitaire peuvent-ils être reportés ? ……………………………………………………………………………………………………………… 29
• Un employeur peut-il imposer à un agent de procéder à un test PCR ou antigénique ou à un autotest supervisé ? ………………………………………………………………………………………………. 29